paddle_quantum.biocomputing.protein

量桨中蛋白质结构构建工具。

_check_valid_aa_seq(aa_seq)

判断一个给定的氨基酸序列标识是否合理。

参数:

aa_seq (str) – 氨基酸序列。

返回:

返回一个氨基酸序列格式是否正确。

返回类型:

bool

_generate_valid_contact_pairs(num_aa)

根据输入的氨基酸数目给出可能发生相互作用的氨基酸对。

参数:

num_aa (int) – 蛋白质中氨基酸数量。

返回:

在给定情况下可能发生相互作用的氨基酸对的序号。

返回类型:

List[Tuple[int]]

class Protein(aa_seqs, fixed_bond_directions, contact_pairs)

基类：networkx.Graph

量桨中用于构建蛋白质结构的类型。

参数:

• aa_seqs (str) – 蛋白质中氨基酸序列。

• fixed_bond_directions (Optional[Dict[Tuple,int]]) – 氨基酸之间确定方向的连接的序号。

• contact_pairs (Optional[List[Tuple[int]]]) – 发生相互作用的氨基酸对的序号。

property num_config_qubits

蛋白质中用来表示结构的量子比特数。

property num_contact_qubits

蛋白质中用来表示氨基酸之间相互作用的量子比特数。

property num_qubits

蛋白质中的总量子比特数。

distance_operator(p, q)

蛋白质中第p个和第q个氨基酸之间的距离算符。

参数:

• p (int) – 氨基酸序号。

• q (int) – 氨基酸序号。

返回:

氨基酸距离算符。

返回类型:

openfermion.QubitOperator

get_protein_hamiltonian(lambda0, lambda1, energy_multiplier)

蛋白质哈密顿量。

参数:

• lambda0 (Optional[float]) – 哈密顿量正则化因子。

• lambda1 (Optional[float]) – 哈密顿量正则化因子。

• energy_multiplier (Optional[float]) – 能量尺度因子。

返回:

蛋白质哈密顿量。

返回类型:

paddle_quantum.Hamiltonian